明清两朝，乾清宫一直是皇帝的寝宫。这里曾发生过许多重大历史事件，明末还发生过三起扑朔迷离的怪案，至今也令人不得其解。
公元1572年，神宗朱翊钧登基，年号万历。神宗在位期间，皇后没有生子，王恭妃生了皇长子朱常洛，郑贵妃生了皇三子朱常洵。
按照惯例，神宗本来应该立皇长子朱常洛为太子，但由于神宗宠爱郑贵妃，便爱屋及乌，想立朱常洵为太子，他以“数年后皇后无出，再行册立”为由，拖延不立太子。
大臣们为维护传统的封建继承制，以“无嫡立长”为由，要求立朱常洛为太子。万历二十九年（1601年），由于众臣力荐，神宗不得已于万历二十九年（1601年）立朱常洛为太子。
本来立储事定，朝廷应该万事大吉，风平浪静。然而事与愿违，不久之后，宫廷内部就发生了三件扑朔迷离的怪事、谜案。
万历四十三年（1615年）五月初四，有一位叫张差的男子，手持棍棒，从东华门闯进紫禁城，打进太子朱常洛居住的慈庆宫。
他一路逢人便打，打伤守门内侍数人，直到宫檐下才被捉住。
那张差疯疯癫癫，语无伦次，巡皇城御史刘廷元上奏皇上说张差有疯癫病。而有的大臣则认为其幕后必有指使者，因此朝野内外，议论纷纷。
后经刑部郎中赵会帧提审张差，证实他并非痴呆，而是郑贵妃宫中太监所指使的。郑贵妃知道此事后，在神宗面前又哭又闹，说此事与她毫不相干。万历皇帝没有办法，只好召见众大臣，要太子对此事表个态。
懦弱的朱常洛吓得全身发抖，只是说将疯子张差正法，不得株连他人。此事就这样草草了之。这件事在明史上称为“梃击案”。其真相如何，没有人能说明白。故此成为明末的一大奇案。
天性软弱的朱常洛虽说是当上了皇帝，但仅仅29天就命丧黄泉。朱常洛上台没几天，就嘱咐大臣为他准备后事。大臣们以为是催办他父亲的后事，可朱常洛却指着自己说：“我自己的！”
正如朱常洛所言，没过几天他就患了痢疾，吃了内医崔文升的药，病情没有好转。继而吃一个叫李可灼的官员进献的红药丸。
第一丸下肚，感觉良好，于是重赏李可灼，接着又吃了第二丸。谁知第二丸下肚不久，便一命呜呼了。
这件震惊朝野的“红丸案”，使李可灼遣戍，崔文升发遣。后魏忠贤专权时，招回李可灼，又让崔文升复职。“红丸案”是否有人指使，药是否有毒，没有人能说清楚。故此案又成了明末的又一奇案。
1620年9月，光宗死，熹宗朱由校继位。光宗帝生前宠爱李选侍，而朱由校的母亲王才人素来与妃嫔李选侍不合，并抑郁成疾，她临死前说道：“我与李选恃有仇，负恨难伸。”当时，朱由校年幼无知，对此并不知晓。
“红丸案”后，李选侍拿着棍棒看守在乾清宫门口，并将朱由校拉在自己身边。其用意不言自明，是想以此为要挟，争做皇太后之位。
众大臣派太监王安与李选侍交涉，李选侍被太监说动，便将朱由校交给了王安。王安拉过朱由校，撒腿就跑，一口气跑出乾清宫，群臣一见，将朱由校团团围住，皆呼万岁。朱由校便在光宗灵前正式继帝位。
次日，大臣们联合上书，要求李选侍移出乾清宫，依旧例由新皇帝入住。李选侍原本想当太后，现在自然不愿意移驾。
众大臣言词激烈地说：“乾清宫是皇帝的寝宫，皇帝身为天子可以居之，皇后许配天子可以陪宿。其他妃嫔既非皇后，又非皇帝生母，有什么资格居住在这里呢？”李选侍无言以对，只好离乾清宫而去。
李选侍无奈拿了一些奇珍异宝，便离开了乾清宫。而新皇帝朱由校年纪虽小，但却侍财如命，于是下旨要刑部严查此事。但太监贿赂刑部，上下串通一气，竟将此事敷衍过去了。还散布谣言说，朱由校薄先朝妃嫔，李选侍气愤不过自尽了。
太监为何要帮李选侍贿赂刑部，以及李选侍是否真的自尽，这都无从考查。所以“移宫案”又成为明末的一大奇案。
