大多数抗生素是由细菌和真菌进化而来的，用来对抗其他有机体：青霉素和它的衍生品就来自于青霉菌，而四环素是由链霉菌产生的。抗生素抗击细菌的方法多种多样，包括青霉素在内的一些抗生素是通过干扰与细菌细胞壁有关的蛋白质，在细胞壁上造成漏洞；还有一些是千扰细菌内部至关重要的蛋白质形成，或是在更本质的层面上给细菌以打击，比如阻止基因的形成等。自然选择导致某些细菌产生变异，使它们能够抵抗抗生素的袭击。比如，可怕的葡萄球菌在引入青霉素这一具有奇效的治疗方法后4年内，便产生了一种阻断青霉素的酶。